מרכז גדעון הלאומי תרומת מריוס נכט, הינו מרכז לאומי המציע אימון, תרגול חוויתי ורכישת מיומנויות בדיסציפלינות ופרוצדורות רפואיות שונות באמצעות סימולטורים מתקדמים המציעים תרגולים בתחומים שונים. קורסים ותוכניות הכשרה מגוונות מוצעים לצוותי רפואה מהמרכז הרפואי שמיר ומבתי חולים ברחבי הארץ בהתאם לניסיון הצוות ומידת הכשרתו המקצועית.

המכון לנוירורדיולוגיה פולשנית, בניהולו של ד"ר רונן לויטה מוביל בהיקפי הצינתורים בישראל בשנת 2023 ומתמחה בין השאר במחלות כלי דם במוח ובצוואר, באירועים מוחיים ובמפרצות . הצנתורים מבוצעים באמצעות מכשור טכנולוגי הנחשב למתקדם מסוגו בעולם ומיועד, בין השאר, לעבד את התמונה המתקבלת לתלת מימדי לחשב את מהירות הזרימה בכלי הדם המוחיים ולשתף את המידע עם שאר מכשירי הדימות המתקדמים (CT, MRI) במרכז.

מרכז סגול לרפואה היפרברית ומחקר בראשות פרופ' שי אפרתי הוא המרכז ההיפרברי הגדול והמשוכלל בישראל ובעולם ובו 8 תאי לחץ היכולים להכיל עד 90 איש בו זמנית ועד 500 איש בכל יום נתון. השימוש בתאים מאפשר לשלב את הטיפול בחמצן בלחץ גבוה במטופלים המאושפזים במחלקות השונות.

בשנת 2020, בהישג יוצא דופן, הוכר מכון האלרגיה בשמיר כמרכז מצוינות של ארגון האלרגיה העולמי. המכון בראשות פרופ' ארנון אליצור מאגד מגוון שירותים רחב, כולל אבחנה וטיפול באלרגיה למזון, אלרגיה לתרופות, נזלת אלרגית, אלרגיה לעקיצות חרקים, אסתמה ועוד.